Λίγο πριν τα μέσα του 17ου αιώνα, η Κρήτη ήταν πια η μοναδική στρατιωτική βάση που κατείχε η Δύση στην ανατολική Μεσόγειο και ταυτόχρονα το μοναδικό εμπόδιο στην προσπάθεια των Οθωμανών να διασφαλίσουν την επικυριαρχία τους στους θαλάσσιους δρόμους. Ήταν πλέον φανερό ότι σύντομα το νησί θα αναγκαζόταν ν’ αντιμετωπίσει τη σοβαρότερη εχθρική απειλή στη μακραίωνη ιστορία του. Το 1645 ο τουρκικός στόλος κατέπλευσε στο λιμάνι της Σούδας και αποβιβάστηκε κοντά στα Χανιά χωρίς να συναντήσει σοβαρή αντίσταση. Ένα χρόνο αργότερα έπεσε το Ρέθυμνο. Το 1646 η Βενετία υποχρεώθηκε ν’ ανοίξει την κλειστή ως τότε χρυσή βίβλο της και να παραχωρήσει με χρηματικό αντάλλαγμα τίτλους ευγενείας και αξιώματα.

Έχοντας κατακτήσει σχεδόν όλο το νησί, οι Τούρκοι εμφανίστηκαν μπροστά στα τείχη του Χάνδακα το 1648. Επικεφαλής των χριστιανικών στρατευμάτων και τελευταίος υπερασπιστής του Μεγάλου Κάστρου ορίστηκε ο αρχιστράτηγος Φραγκίσκος Morosini. Ο κρητικός πληθυσμός της πόλης, άντρες και γυναίκες, στάθηκαν με ηρωισμό και αυτοθυσία στο πλευρό των Βενετών για να προασπιστούν τις αξίες του δυτικού πολιτισμού και της χριστιανικής πίστης. Η σημαία του Αγίου Μάρκου ήταν πλέον η τελευταία τους ελπίδα.