Στο τάγμα των Φραγκισκανών ανήκε επίσης ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή, που ανεγέρθηκε το 13^ο αιώνα εκτός των παλαιών τειχών, στη Via dello Spedale (σημερινή οδό 1821). Το κέλυφος του μνημείου κατάφερε να επιβιώσει ως τις μέρες μας, έχοντας υποστεί αλλοιώσεις από τη μετατροπή του σε τέμενος του Μαχμούτ Αγά και τη μακρόχρονη λειτουργία του ως εμπορικό κατάστημα. Αποτελείται από δυο κλίτη. Το βόρειο είναι ελαφρά πλατύτερο και καλύπτεται με δίρριχτη ξύλινη στέγη. Στα ανατολικά του στενότερος τετράγωνος χώρος καλύπτεται με ημικυλινδρική καμάρα και πιθανότατα στέγαζε το ιερό. Στο ανατολικό τμήμα του νότιου κλίτους έχουν διαμορφωθεί, προφανώς στην οθωμανική περίοδο, δυο τετράγωνοι θολοσκεπείς χώροι. Το υπόλοιπο προς τα δυτικά τμήμα του νότιου κλίτους στεγάζεται με δίρριχτη ξύλινη στέγη, που φαίνεται να διατηρεί τη μορφή της αρχικής. Σήμερα το κτήριο είναι εγκαταλελειμμένο και έχει χαρακτηριστεί ως ετοιμόρροπο.