Ο μικρός ναός του Αγίου Μηνά βρίσκεται στο δυτικό άκρο της πλατείας της Αγίας Αικατερίνης και ΒΔ του ομώνυμου μητροπολιτικού ναού. Στη σημερινή του μορφή είναι δίκλιτος, με το νότιο κλίτος αφιερωμένο στην Υπαπαντή και το βόρειο στον Άγιο Μηνά. Στο σχέδιο του Μανέα Κλόντζα (1628-1645) και το χάρτη του R. Werdműller (1668) στη θέση αυτή σημειώνεται μονόχωρος ναός αφιερωμένος στην Παναγία Παντάνασσα, που αναφέρεται για πρώτη φορά το 1548. Στον κατάλογο των τελευταίων χρόνων της Βενετοκρατίας που διέσωσε ο F. Cornelius η εκκλησία αναφέρεται για πρώτη φορά ως Παναγία Παντάνασσα και Άγιος Μηνάς. Με τη βενετσιάνικη εκκλησία ταυτίζεται το βόρειο κλίτος, όπως δείχνουν η οξυκόρυφη καμάρα με ενισχυτικά σφενδόνια, το γοτθικού τύπου παράθυρο στο βόρειο τοίχο και η βάση του αρχικού κωδωνοστασίου στο δυτικό άκρο του βόρειου τοίχου. Το νότιο κλίτος προστέθηκε πιθανότατα κατά την ανακαίνιση του 1735, προκειμένου ο ναός να λειτουργήσει ως επισκοπική έδρα. Την εποχή αυτή πρέπει να μεταφέρθηκε στο νότιο τοίχο του νεότερου κλίτους το ανώφλιο παραθύρου με ελισσόμενο βλαστό και οικόσημο με λέοντα, που πιθανότατα βρισκόταν στο νότιο τοίχο του αρχικού ναού.