Στο Χάνδακα υπήρχε μεγάλος αριθμός ορθόδοξων ναών. Οι περισσότεροι από αυτούς ανήκαν σε συντεχνίες οι οποίες αφιέρωναν ναούς στους προστάτες αγίους τους. Δυο μεγάλα μοναστικά συγκροτήματα ανεγέρθηκαν την περίοδο της Βενετοκρατίας, η Μονή της Αγίας Αικατερίνης και η Μονή της Παναγίας Ακρωτηριανής. Αν και πολύ περισσότερες σε αριθμό από τις καθολικές, οι περισσότερες ορθόδοξες εκκλησίες του Χάνδακα έχουν καταστραφεί. Λείψανα ορισμένων έχουν εγκλωβιστεί σε νεότερες κατασκευές, κάποιες, αφού μετατράπηκαν σε τζαμιά, παραχωρήθηκαν σε ιδιώτες και διατηρούνται σε ερειπιώδη κατάσταση και άλλες δέχτηκαν ασύμβατες χρήσεις και ελάχιστες εξακολουθούν να λειτουργούνται.

Από το σπουδαιότερο ορθόδοξο μοναστήρι του Χάνδακα, εκείνο της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών, διατηρείται σήμερα μόνο το καθολικό, ΒΑ του μητροπολιτικού ναού του Αγίου Μηνά. Από την ορθόδοξη μονή της Παναγίας Ακρωτηριανής, διατηρούνται μόνο λείψανα του περιβόλου ενσωματωμένα στον περίβολο του οθωμανικού στρατώνα, που ανεγέρθηκε στη θέση της και αργότερα στέγασε την Εφορεία Καπνού (Παλαιό Καπνοκοπτήριο, σήμερα γραφεία της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ηρακλείου).

Ελάχιστα λείψανα σώζονται από τους ναούς της Παναγίας των Αγγέλων, της Τριμάρτυρης, της Αγίας Μαρίνας του Κάστρου στη σημερινή συνοικία της Αγίας Τριάδας και του Αγίου Δημητρίου των Μαραγκών, στη θέση του σημερινού Αγίου Δημητρίου Λιμένος που ανακατασκευάστηκε δυο φορές στη διάρκεια του 20ού αιώνα.

Παρά την προσπάθεια που καταβλήθηκε για τη διάσωση των βενετικών εκκλησιαστικών μνημείων ή των λειψάνων τους μέσω του χαρακτηρισμού τους ως διατηρητέων με το Βασιλικό Διάταγμα του 1947, μεγάλος αριθμός από αυτά κατεδαφίστηκε στις δεκαετίες που ακολούθησαν. Σ’ αυτά συγκαταλέγονται ο ναός των Αγίων Νικολάου και Ιωάννη της συντεχνίας των Μαρτζέρων (εμπόρων), στην οδό 1866, βόρεια της Παναγίας Τριμάρτυρης, που κατεδαφίστηκε το 1965, ο ναός του Αγίου Νικολάου στα Μουρχουταριά (αγγειοπλαστεία), γνωστός ως «μικρό χαμαμάκι», νότια της λεωφόρου Καλοκαιρινού, που κατεδαφίστηκε το 1970, ο ναός της Αγίας Ειρήνης στην οδό Δελημάρκου, με κιονοστοιχίες και κορινθιάζοντα κιονόκρανα, που κατεδαφίστηκε το 1955, ο ναός του Αγίου Γεωργίου Γλυκοκαρύδη (τεκές Κεϋλανί) στην οδό Λασιθίου, μεταξύ της πλατείας Κορνάρου και της λεωφόρου Νικολάου Πλαστήρα, που κατεδαφίστηκε το 1968. Ο Άγιος Ιωάννης ο Γέρακας στη συνοικία της Αγίας Τριάδας κατεδαφίστηκε μόλις το 1995, σε εφαρμογή του ρυμοτομικού σχεδίου του 1936.