Η απόφαση της Γαληνοτάτης Δημοκρατίας της Βενετίας να εδραιώσει την κυριαρχία της στο νησί της Κρήτης εκδηλώθηκε όχι μόνο με την άμεση υιοθέτηση του συστήματος στρατιωτικού εποικισμού και την εγκαθίδρυση μιας αυστηρής διοικητικής οργάνωσης, αλλά και με ένα εκτεταμένο οικοδομικό πρόγραμμα, που θα εξυπηρετούσε τις νέες συνθήκες και θα προέβαλλε την κυριαρχία της Βενετίας σε διοικητικό και θρησκευτικό επίπεδο. Μέσα στο πλαίσιο αυτό ο Χάνδακας εφοδιάστηκε με νέα διοικητικά κτήρια, στρατώνες, εμπορικές και στρατιωτικές αποθήκες, εγκαταστάσεις για την εξυπηρέτηση του εμπορίου και την επισκευή των πλοίων, αλλά και κτήρια ικανά να εξυπηρετήσουν τις λατρευτικές ανάγκες του καθολικού δόγματος, ναούς και μοναστηριακά συγκροτήματα των λατινικών μοναστικών ταγμάτων που εγκαταστάθηκαν επίσης στο νησί.

Από τα κτήρια της πρώτης περιόδου της Βενετικής κυριαρχίας ελάχιστα έχουν σωθεί στο Ηράκλειο. Ένα μεγάλο μέρος χάθηκε λόγω των πολυάριθμων σεισμικών καταστροφών. Οι διαρκείς ανακαινίσεις, οι ανοικοδομήσεις και οι εκτεταμένες αναδιαμορφώσεις του φυσικού αναγλύφου αλλά και κατεδαφίσεις κατά την ανέγερση των μεγάλων οχυρώσεων του 16ου αιώνα είχαν επίσης ως αποτέλεσμα την απώλεια μεγάλου μέρους των παλαιότερων κτηρίων. Η αλλοίωση του πολεοδομικού ιστού της Βενετοκρατίας ξεκίνησε ήδη με την οθωμανική κατάκτηση το 1669. Προσθήκες και επισκευές που σχετίζονταν με τις νέες αμυντικές, διοικητικές, θρησκευτικές και οικιστικές ανάγκες, νέες εκτεταμένες σεισμικές καταστροφές και η μεγάλη πυρκαγιά που ακολούθησε το τελευταίο επεισόδιο της αποχώρησης των Τούρκων από την Κρήτη, τη σφαγή αμάχων του Ηρακλείου στις 25 Αυγούστου 1898, είχαν ως αποτέλεσμα μικρό τμήμα κτηρίων της βενετσιάνικης πόλης να επιβιώσει ως τις αρχές του 20ού αιώνα. Η τελική ωστόσο καταστροφή πραγματοποιήθηκε κατά τις δεκαετίες που ακολούθησαν, καθώς η άναρχη αστική ανάπτυξη, οι λειτουργικού τύπου παρεμβάσεις στον αστικό ιστό με τη διάνοιξη νέων δρόμων και τη διαμόρφωση κοινόχρηστων χώρων, η ραγδαία και χωρίς έλεγχο ανοικοδόμηση, συνέπεια της διαρκώς αυξανόμενης αστυφιλίας, αλλά και η δυσκολία αποδοχής της μνημειακής αξίας κτισμάτων που στη συνείδηση του πληθυσμού είχαν συνδεθεί με την παρουσία κατακτητών, είχαν ως αποτέλεσμα την καταστροφή ενός σημαντικού μέρους από τα εναπομείναντα κτίσματα.