Η πόλη του Χάνδακα υπέφερε μόνιμα από λειψυδρία. Ήδη από τη βυζαντινή περίοδο η ύδρευση γινόταν κυρίως από πηγάδια. Τα περισσότερα πρέπει να έμειναν σε χρήση στην περίοδο της Βενετοκρατίας, όπως μαρτυρούν οι πηγές και τα επιστόμια φρέατος που διασώθηκαν. Δεν έλειπαν ωστόσο οι υπόγειες δεξαμενές που συγκέντρωναν κυρίως όμβρια ύδατα. Σύμφωνα με την έκθεση του Γενικού Προνοητή Isepo Civran, το 1639 υπήρχαν 1270 πηγάδια και 273 δεξαμενές. Μεγάλη δεξαμενή με πέντε θολοσκέπαστους χώρους που διαιρούνται με τοξοστοιχίες διατηρείται άθικτη ανάμεσα στο ναό του Αγίου Τίτου και το υπόγειο πρώην βιοτεχνικού κτηρίου (παγοποιείου) που ανεγέρθηκε γύρω στο 1930 βόρεια του ναού. Στην περίοδο της Βενετοκρατίας τρεις μονόχωρες θολοσκέπαστες δεξαμενές προστέθηκαν βόρεια της προηγούμενης. Το συγκρότημα των δεξαμενών συνδέθηκε αργότερα με το υδραγωγείο Morosini. Δημόσιο χαρακτήρα πρέπει να είχε και η μεγάλου βάθους δεξαμενή με κίονες από γλυπτά σε δεύτερη χρήση και οξυκόρυφα τόξα, στο υπόγειο κτηρίου στα ΝΔ του Αγίου Τίτου. Αρκετές ακόμη δεξαμενές κατασκευάστηκαν από τους Βενετούς, είτε για δημόσια είτε για ιδιωτική χρήση. Από τις μεγάλες δημόσιες δεξαμενές διατηρείται σήμερα ακέραιη η δίχωρη υπέργεια δεξαμενή του Zane νότια των Arsenali Nuovissimi. Η μεγάλη δίχωρη δεξαμενή που ολοκληρώθηκε από το Fr. Morosini μέσα στην παλαιά τάφρο, βόρεια των στρατώνων του Αγίου Γεωργίου κηρύχθηκε ως διατηρητέα, σήμερα ωστόσο τα λείψανά της διατηρούνται κάτω από τα θεμέλια των πολυώροφων οικοδομών που ανεγέρθηκαν αργότερα στο νότιο μέτωπο της οδού Δικαιοσύνης. Υπόγειες δεξαμενές έχουν επίσης εντοπιστεί κοντά στη Loggia, στη ΒΑ γωνία του πάρκου Θεοτοκοπούλου, στο χώρο που καταλάμβανε ο ναός της Παναγίας Τριμάρτυρης στην οδό 1866 και αλλού. Υπήρχαν επίσης κάποιες μικρές κρήνες που τροφοδοτούνταν από υπόγεια νερά.

Η πρώτη προσπάθεια διοχέτευσης νερού στην πόλη υπό μορφή υδραγωγείου έγινε από τον γενικό διοικητή Giοvanni Matteo Bembo. Η ομώνυμη κρήνη που κατασκευάστηκε μεταξύ του 1552 και 1554 νότια του περιβόλου του ναού του San Salvatore (Σωτήρα) διατηρείται με κάποιες μεταγενέστερες επεμβάσεις πλάι σε οθωμανική κρήνη στην πλατεία Κορνάρου. Συντηρήθηκε πρόσφατα, όπως και η ανάγλυφη πλάκα της κρήνης που κατασκεύασε το 1603 ο δούκας Giovanni Sagredo στη ΒΔ γωνία της Loggia.

Η κατασκευή του υδραγωγείου από τον Fransesco Morosini σκόπευε να δώσει μια οριστική λύση στο πρόβλημα υδροδότησης της πόλης. Η πολυτελής κρήνη που ανέγειρε στο μέσον της Πλατείας των Δημητριακών, γνωστότερη σήμερα στους ντόπιους ως «Λιοντάρια», δεν σώζει πλέον το μεγαλόπρεπο άγαλμα του Ποσειδώνα που αρχικά την επέστεφε. Σήμερα παραμένει εμβληματικό μνημείο για την πόλη του Ηρακλείου, ασφυκτιώντας ωστόσο μέσα στον εμπορικότερο πυρήνα της.

Το τελευταίο χρονολογικά υδρευτικό έργο κατασκευάστηκε από το γενικό προνοητή Antonio Priuli τρία μόλις χρόνια πριν από την Άλωση του Χάνδακα, το 1666, σε μια περίοδο που οι Οθωμανοί είχαν αποκόψει τα δυο παλαιότερα υδραγωγεία. Απέληγε στην ομώνυμη κρήνη, που διατηρείται μέχρι σήμερα κοντά στην πύλη του Δερματά.