Το 1976 ο ΕΟΤ προσκάλεσε στην Ελλάδα τον γάλλο ερευνητή J. Cousteau για να εξερευνήσει τις ελληνικές θάλασσες. Κάτω από την εποπτεία ελλήνων πρωτοπόρων αρχαιολόγων του τότε Υπουργείου Πολιτισμού και Επιστημών και με τη συμμετοχή εθελοντών από το Ινστιτούτο Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών διερευνήθηκαν σημεία σε όλη την περίμετρό της Κρήτης. Η κύρια προσπάθεια, όμως, επικεντρώθηκε στη νησίδα Ντία, τον «προ-λιμένα» του λιμανιού της αέναης πρωτεύουσας του νησιού. Το μεγαλύτερο μέρος από τα φορτία διαφόρων ναυαγίων που ανελκύστηκαν και της ανασκαφής στον όρμο του Αγ. Γεωργίου φυλάσσονται έκτοτε στο φρούριο του Κούλε. Τα ναυάγια χρονολογούνται από το τέλος του 1ου αι. μ.Χ. μέχρι και τα Οθωμανικά χρόνια.

Τρία από αυτά είναι επισκέψιμα στις αίθουσες, μαζί με ευρήματα από την ανασκαφή στον όρμο του Αγ. Γεωργίου, όπως και πληροφορίες για το λιμάνι του Ηρακλείου. Σε άλλο σημείο παρουσιάζεται επίσης το ναυάγιο La Thérèse, η βύθιση του οποίου σήμανε τη πτώση της Κρήτης στους Οθωμανούς το 1669.