Το λιμάνι αποτέλεσε τον πνεύμονα της Candia και της Κρήτης, διακινώντας ανθρώπους και εμπορεύματα σε όλη την Ανατολική Μεσόγειο. Τα βενετσιάνικα πλοία ταξίδευαν φορτωμένα κρητικά προϊόντα, σιτηρά, τυριά, κρασιά, σταφίδες, αλάτι, αλλά και μπαχαρικά από την Ανατολή, παστά και ξυλεία απ’ τη Κωνσταντινούπολη, υφάσματα, έπιπλα και εργαλεία από την Ευρώπη.

Οι Ενετοί από το 13ο μέχρι και το 16ο αι., αφού συμπλήρωσαν τους φυσικούς βραχώδεις σχηματισμούς για να αποτελέσουν τους λιμενοβραχίονες, ενέταξαν το λιμάνι στην οχύρωση της πόλης και κατασκεύασαν το Φρούριο της Θάλασσας, τα νεώρια, τη δεξαμενή και την αποθήκη άλατος. Για τον αυτοκαθαρισμό του λιμανιού άφησαν διαμπερή υποβρύχια ανοίγματα στο σώμα του βόρειου λιμενοβραχίονα. Εν τούτοις, υποχρεώθηκαν σε συνεχείς επισκευές των ζημιών που προκαλούσαν οι άγριοι βοριάδες και οι σεισμοί που κατέστρεφαν το Φρούριο, επίχωναν τη λιμενολεκάνη και γκρέμιζαν τα νεώρια.

Το 16ο αι. έκτισαν στην άκρη του βόρειου λιμενοβραχίονα, στη θέση παλαιότερου πύργου, τον Κούλε (τουρκ. Su Kulesi), το Castello ή Rocca a Mare για να ανταποκριθεί στις νέες ανάγκες της πυρίτιδας και να προστατεύσει το λιμάνι και την παράκτια οχύρωση της πόλης.

Τον ίδιο αιώνα κατασκευάζουν τρία συγκροτήματα νεωρίων όπου έκτιζαν, επισκεύαζαν και διατηρούσαν τις βενετσιάνικες γαλέρες. Πρώτο οικοδομήθηκε το συγκρότημα των Arsenali Antichi (Αρχαία Νεώρια) εκεί όπου βρίσκεται τώρα το κτήριο της Περιφέρειας Κρήτης. Η κατασκευή του ολοκληρώθηκε το 1507 και περιλάμβανε πέντε διαμερίσματα στεγασμένα με συνεχόμενους θόλους. Το συγκρότημα γκρεμίστηκε στο μεγάλο σεισμό του 1856 που κατέστρεψε ολοκληρωτικά το Ηράκλειο. Δυτικότερα, περατώθηκαν το 1556 τα Arsenali Vecchi (Παλαιά Νεώρια) που περιλάμβαναν τέσσερα διαμερίσματα. Αυτά επεβίωσαν μέχρι τη δεκαετία του 1930, οπότε καθαιρέθηκε το βόρειο τμήμα τους για να περάσει ο παραλιακός δρόμος. Στην ανατολική πλευρά του λιμανιού ανεγέρθηκε, μεταξύ 1556 και 1609, τα συγκρότηματα των Arsenali Nuovi και Nuovissimi (Νέα και Νεώτερα Νεώρια) που περιλάμβαναν πέντε διπλά καμαροσκεπή διαμερίσματα, στα οποία μπορούσαν να χωρέσουν δέκα γαλέρες. Από τα δέκα νεώρια έχει επιβιώσει από τους σεισμούς και τις κατεδαφίσεις της δεκαετίας του 1930, το κεντρικό τμήμα των δύο συνεχόμενων νοτιότερων διαμερισμάτων.

Το 1615 ολοκληρώθηκε επίσης η Cisterna, η δεξαμενή για τον εφοδιασμό των πλοίων με φρέσκο νερό, χωρητικότητας 20.000 βαρελιών στα ν/δυτικά των Arsenali Nuovissimi. Ανατολικά τους αντίστοιχα κατασκευάστηκε η Αποθήκη του Άλατος για το μονοπώλιο του άλατος που παρήγαν οι Αλυκές της Ελούντας και της Σούδας.