Μετά την κατασκευή της οχύρωσης του 16^ου αι., η επικοινωνία της πόλης με την ύπαιθρο γινόταν από τρεις κύριες διόδους, υπό τη μορφή στοών, που διανοίχτηκαν στο λαιμό των προμαχώνων, κάτω από τις χαμηλές πλατείες, ώστε να προστατεύονται από τα πυροβόλα τους. Οι εσωτερικές (προς την πόλη) πύλες των στοών είχαν διαμορφωθεί ως επιβλητικές αναγεννησιακές προσόψεις, κοσμημένες με εμβλήματα, οικόσημα και ανάγλυφα αρχιτεκτονικά στοιχεία, ενώ οι εξωτερικές (προς την τάφρο) ήταν απλές τοξωτές θύρες που ανοίγονταν στο πάχος της λίθινης κεκλιμένης επένδυσης.

Η δίοδος που διασφάλιζε την επικοινωνία με τα ανατολικά κατασκευάστηκε στα 1565 από τον capitano generale Paolo Zorzi στο λαιμό του προμαχώνα Vitturi και ήταν αφιερωμένη στον Άγιο Γεώργιο. Οδηγούσε από τη στάθμη της πλατείας του Άρεως (σημερινή πλατεία Ελευθερίας), όπου υπήρχε μια αναγεννησιακού τύπου πρόσοψη, στην ανατολική τάφρο. Η προς την πόλη πρόσοψη υπέστη φθορές από το σεισμό του 1856 και κατεδαφίστηκε το 1917.

Η δίοδος προς τα νότια διανοίχθηκε στο λαιμό του προμαχώνα Ιησού, επί της θητείας του γενικού προνοητή Zuanne Mocenigo (1587). Το προς την πόλη μέτωπό της διαμορφώθηκε ως περίτεχνη αναγεννησιακή πρόσοψη με πλούσιο θριγκό. Πάνω από τη θύρα της εξωτερικής όψης, προς την τάφρο υπάρχει ανάγλυφη πλάκα με φτερωτό λέοντα και οικόσημα κάτω από μετάλλιο με το γοτθικό σύμβολο του Ιησού (JHS).

Προς τα νοτιοδυτικά οδηγούσε η πύλη του προμαχώνα του Παντοκράτορα που κατασκευάστηκε στα χρόνια του δόγη Pietro Loredan σύμφωνα με το οικόσημο της εξωτερικής θύρας (1567-1570). Η πρόσοψή της, προς την πλευρά της πόλης, ήταν εξολοκλήρου επενδεδυμένη με λαξευτούς λιθόπλινθους. Οι ανάγλυφες πλάκες με τους λέοντες και τα μετάλλια με τον Παντοκράτορα στα δυο μέτωπα της πύλης, διατηρούνται ακέραια, με εξαίρεση τμήμα της πλάκας του λέοντα στο μέτωπο της πόλης.

Τρεις ακόμη πύλες διαμορφώνονταν στο θαλάσσιο μέτωπο, από μια στους θαλάσσιους προμαχώνες Αγίου Ανδρέα και Sabbionara και μια τρίτη στον κόλπο του Δερματά. Από αυτές διατηρείται ακέραιη μόνο η στοά της πύλης Sabbionara. Στο λιμάνι διατηρήθηκε η προϋπάρχουσα πύλη του Μώλου και προστέθηκε μια ακόμη για την επικοινωνία της πόλης με τα Νεώρια. Και οι δυο έχουν καταστραφεί.

Πύλη Ιησού

Η επιβλητικότερη πρόσοψη διαμορφώθηκε στο προς την πόλη μέτωπο της πύλης Ιησού, που οδηγούσε στα νότια. Η κεντρική στοά της πύλης πλαισιώνεται από δυο βοηθητικούς χώρους, με χαμηλότερες ορθογώνιες θύρες εισόδου και αντίστοιχα ανακουφιστικά φωτιστικά ανοίγματα. Η πρόσοψη απολήγει σε πλούσιο θριγκό με τρίγλυφα και ανάγλυφες μετόπες με λέοντες, ρόδακες, βούκρανα και τρόπαια. Οι αυθεντικές μετόπες και άλλα τμήματα του ανάγλυφου διακόσμου αντικαταστάθηκαν το 2013 με αντίγραφα. Τα πρωτότυπα, που είχαν διαβρωθεί από τους αστικούς ρύπους, μεταφέρθηκαν και εκτίθενται εδώ. Στο κέντρο του θριγκού υπάρχει επίχρυση επιγραφή του γενικού προνοητή Zuanne Mocenigo (1587).

Πύλη Αγίου Γεωργίου

Από την πύλη του Αγίου Γεωργίου, που κατασκευάστηκε το 1565 στο λαιμό του προμαχώνα Vitturi και οδηγούσε στην ανατολική τάφρο, σώζεται σήμερα μέρος της στοάς και η εξωτερική (προς την τάφρο) τοξωτή θύρα. Η αναγεννησιακού τύπου πρόσοψη προς την πόλη, έχοντας υποστεί φθορές από το σεισμό του 1856, κατεδαφίστηκε το 1917. Από το γλυπτό της διάκοσμο, διασώθηκαν το μετάλλιο του έφιππου Αγίου Γεωργίου και ένα από τα μετάλλια με οικόσημα, σήμερα στο Ιστορικό Μουσείο Κρήτης. Δυο ακόμη θραύσματα μεταλλίων, που εκτίθενται εδώ, μπορούν να αποδοθούν στην πύλη. Το ένα παριστάνει λέοντα με ανοικτό Ευαγγέλιο και εμφανίζει στενή ομοιότητα με το δεξιό λέοντα της πύλης, ενώ το άλλο, που διατηρεί το άνω αριστερό τέταρτο οικοσήμου εγγεγραμμένου σε δάφνινο στεφάνι και σύμφυτο κλειδί με ανάγλυφη κεφαλή λέοντα, αποτελεί πιθανότατα τμήμα του δεύτερου μεταλλίου με τα οικόσημα των αξιωματούχων.