Μνημείο εμβληματικό για την πόλη του Ηρακλείου αποτελεί αναμφίβολα το βενετσιάνικο θαλάσσιο φρούριο που ανεγέρθηκε στο άκρο του ΒΔ λιμενοβραχίονα, γνωστό με το οθωμανικό όνομα Κούλες, το οποίο υποκατέστησε το βενετσιάνικο Rocca ή Castello a Mare. Στη θέση αυτή υπήρχε αρχικά ένας πύργος, το Castellum Communis. Η αντικατάστασή του από το νεώτερο φρούριο αποφασίστηκε το 1523. Το φρούριο διαρθρώνεται σε δύο κύρια επίπεδα (το ισόγειο και το δώμα), καλύπτοντας επιφάνεια περίπου 3.600.00 τ.μ. Οι περιμετρικές τοιχοποιίες του διαμορφώνονται εξωτερικά με διαφορετική κλίση (scarpa) και φτάνουν σε πάχος τα 9 μέτρα. Η κύρια είσοδος βρίσκεται στη δυτική πλευρά, στην οποία καταλήγει ο βενετσιάνικος οχυρός μόλος. Στη βόρεια πλευρά βρίσκεται βοηθητική έξοδος προς τη θάλασσα, για την τροφοδοσία από πλοία και νοτιοδυτικά, τρίτη δευτερεύουσα έξοδος προς το λιμάνι. Τα θολοσκέπαστα δωμάτια του ισογείου λειτουργούσαν ως χώροι στρατωνισμού και διαμονής των αξιωματικών. Επίσης, στο ισόγειο υπήρχαν αποθήκες, φυλακές, δεξαμενές που τροφοδοτούνταν με βρόχινο νερό μέσω καταπακτών και στο δώμα, ένας ανεμόμυλος, ένας φούρνος, ένας ναός και κανονιοθυρίδες για 18 μεγάλα κανόνια. Στις τρεις πλευρές του φρουρίου διατηρούνται στη θέση τους, τα μαρμάρινα εμβλήματα της Βενετίας με το φτερωτό λέοντα. Μετά την άλωση του Χάνδακα οι Οθωμανοί πραγματοποίησαν επεμβάσεις στο φρούριο, με κυριότερη την προσθήκη επάλξεων. Στους χώρους του ισογείου του φρουρίου φυλακίστηκαν Κρήτες επαναστάτες μεταξύ αυτών και η ομάδα του οπλαρχηγού Δασκαλογιάννη κατά την επανάσταση του 1770. Η σημερινή εικόνα του δώματος είναι αποτέλεσμα αλλεπάλληλων επισκευών τόσο κατά την περίοδο της Βενετοκρατίας και Τουρκοκρατίας όσο και μετατροπών και αναστηλωτικών επεμβάσεων των αρχών του 20ου αι. και της δεκαετίας του 1970.