Οι Οθωμανοί διατήρησαν τις οχυρώσεις και τον πολεοδομικό ιστό της ενετικής Κάντιας. Με δεδομένη μάλιστα τη σημασία της πόλης ως φρούριο, μετά την εγκατάσταση των νέων αρχών ξεκίνησε, κατά συνοικίες μια συστηματική καταγραφή των δημοσίων και ιδιωτικών κτηρίων, των υπόγειων αποθηκών σίτου (γούβες), των δεξαμενών ύδατος και των εκκλησιών. Άμεσα επιδιορθώθηκαν τα τείχη με ορισμένες μικρής έκτασης προσθήκες (επιπρομαχώνα Αγίου Ανδρέα, μικρός κούλες κ.ά.), αποκαταστάθηκε η ροή των υδάτων από τις πηγές των Αρχανών (Kemer Suyu), η οποία είχε διακοπεί κατά τη διάρκεια της πολιορκίας, και κατασκευάστηκαν νέες δεξαμενές συγκέντρωσης και διανομής των υδάτων. Συμπληρωματική υδροδότηση των τεμενών, των τεκέδων, των λουτρών, των αναβρυτηρίων και των κρηνών (φιλανθρωπικών, δημοσίων και ιδιωτικών) της πόλης επιχειρήθηκε και από μικρότερες πηγές των περιχώρων της. Σπουδαίο κοινωφελές έργο της περιόδου υπήρξε και η δημιουργία αποχετευτικού συστήματος με την κατασκευή δύο κλειστών λιθόκτιστων οχετών σε νευραλγικά σημεία της πόλης. Για το στρατωνισμό των οθωμανικών ταγμάτων χρησιμοποιήθηκαν οι ενετικοί στρατώνες του Αγίου Γεωργίου (αυτοκρατορικοί Γενίτσαροι), της πύλης του Ιησού (Τζεμπετζήδες = Θωρακοφόροι) και η «Κονάκα του Λάκκου». Στη θέση της Μονής Ακρωτηριανής κτίστηκε ο κισλάς των εντοπίων Γενιτσάρων, ενώ φυλακές και δημόσιες σιταποθήκες συνέχισαν να λειτουργούν στην πύλη Βολτόνε του αραβοβυζαντινού-παλαιοενετικού τείχους και στο συνεχόμενο προς δυσμάς ενετικό Φούντικο (Fontaco). Στα υπόλοιπα δημόσια κτήρια του κέντρου της πόλης εγκαταστάθηκαν ανώτεροι Οθωμανικοί βαθμούχοι, στους οποίους, με σουλτανική άδεια, ο ίδιος ο Κιοπρουλής παραχώρησε το δικαίωμα να μετατρέψουν σε τεμένη τους δεκαπέντε χριστιανικούς ναούς αρχικά και στη συνέχεια άλλες οκτώ κεντρικές εκκλησίες, με μόνη υποχρέωση την αφιέρωση αστικών ακινήτων για τη συντήρηση τους. Δεν είναι επίσης μικρός ο αριθμός μικρών εκκλησιών, όπως η Παναγία η Φανερωμένη στο Μαρτινέγκο, που μετατράπηκαν σε ευκτήριους οίκους (μεστζίτ) και τεκέδες από μουσουλμάνους ιερωμένους. Διαφορετική περίπτωση αποτελεί ο μεγάλος τεκές των μπεκτασήδων του Αλή Ντεντέ Χορασανλή, ο οποίος ανεγέρθηκε κατά τη διάρκεια της πολιορκίας στη θέση του ενετικού οικισμού Καϊάφα στο σημερινό προάστιο «Αμπελόκηποι» (πρώην Τεκές). Μικρότερες επίσης εκκλησίες και ιδιωτικά παρεκκλήσια πολυτελών οικιών που πέρασαν στην κατοχή Οθωμανών μεγιστάνων μετατράπηκαν σε λουτρώνες (χαμάμια). Γνωρίζουμε εννέα λουτρά δημόσιας χρήσης. Τα έργα ανασυγκρότησης της πόλης εκτελέστηκαν στο σύνολο τους από Αρμένιους ορυκτουργούς του Οθωμανικού στρατού και ορισμένους ντόπιους εξειδικευμένους καστροχτίστες.

Με εξαίρεση τα μικρά μονόχωρα σπίτια στις φτωχικές συνοικίες των παρυφών της πόλης, αναγεννησιακά ενετικά αρχοντικά συνδιαλέγονταν μοναδικά με κονάκια βαλκανικής αρχιτεκτονικής και νεοκλασικίζοντα μέγαρα, τα οποία μετέτρεπαν έτσι τα λιθόστρωτα στενοσόκακα του κέντρου της πόλης σε φορείς του μύθου της. Τα εσωστρεφή οθωμανικά κονάκια, πίσω από τα καφασωτά παράθυρα των σαχνισιών και τους ψηλούς μαντρότοιχους των αυλών τους, έκρυβαν κόσμους παραμυθένιους. Ξύλινα ζωγραφιστά ταβάνια, μουσάντρες και διαχωριστικά, αλλά και θαυμάσιες βοτσαλωτές αυλές με χαζινέδες, πηγάδια και παγώνια μέσα σε οργιώδη βλάστηση ήταν η μαγική εικόνα της Ανατολής του Χάνδακα.

Μέσα στη πόλη η παλαιά ιουδαϊκή παροικία με τη συναγωγή της παρέμεινε στην περιοχή μεταξύ του τεμένους του σουλτάνου Ιμπραήμ (ενετική Μονή του Αγίου Ανδρέα) και της Πύλης της Άμμου (Κουμ Καπού) στον όρμο Δερματά.

Έξω από τα ισχυρά τείχη της πόλης διατηρήθηκαν τα ενετικά προπύργια του Αγίου Πνεύματος (Τασλί ντάμπια = βραχώδες πρόχωμα), του Παντοκράτορα (Κανλί ντάμπια = αιματώδες πρόχωμα), του Αγίου Νικολάου (Γερλί ντάμπια = πρόχωμα των εντοπίων) και το εξωτερικό ενετικό φρούριο του Αγίου Δημητρίου (Ακ ντάμπια = λευκό πρόχωμα). Η περιφρούρητος έκταση Τοπ Αλτί βρισκόταν γύρω από την τάφρο του φρουρίου του Χάνδακα, όπου οι γαίες είχαν εξαρχής διαχωριστεί σε εκτάσεις για καλλιέργεια και βόσκηση των ζώων και για ταφή των νεκρών.

Έτσι, κοντά στις πύλες του Παντοκράτορα και του Ιησού, ανάμεσα σε καταπράσινους αμπελώνες, βρίσκονταν τα δύο μεγάλα μουσουλμανικά νεκροταφεία.

Τέλος, επειδή οι πύλες του Μεγάλου Κάστρου συνέχισαν να κλείνουν με τη Δύση του ηλίου και να ανοίγουν ξανά με την ανατολή του, όσοι δεν πρόφταναν να μπουν έγκαιρα σ’ αυτό διανυκτέρευαν με τα ζώα τους σε ειδικά διαμορφωμένα θολωτά κτήρια κοντά σε πηγές, όπως του «Κορώνη ο Μαγαράς» στο δρόμο προς το Κανλί Καστέλι και οι κουμπέδες πάνω στο παλιό δρόμο προς Χανιά.

Η «ωραιότερη πόλη της Ανατολής», εκτός από πολεμικές συρράξεις, πολλές φορές δοκιμάστηκε και από θεομηνίες. Σεισμοί ισοπέδωσαν τα κραταιά της κτίσματα και πυρκαγιές εξαφάνισαν τα αριστουργήματα της βαλκανικής αρχιτεκτονικής με τους ξυλόπηκτους ορόφους. Τέλος, τον 20ο αιώνα, η «ανάπτυξη», η αστικοποίηση και ο σύγχρονος τρόπος ζωής τραυμάτισαν τον ιστορικό χαρακτήρα της πόλης.