Λίγο πριν τα μέσα του 17^ου αιώνα, η Κρήτη ήταν πια η μοναδική στρατιωτική βάση που κατείχε η Δύση στην ανατολική Μεσόγειο και ταυτόχρονα το μοναδικό εμπόδιο στην προσπάθεια των Οθωμανών να διασφαλίσουν την επικυριαρχία τους στους θαλάσσιους δρόμους. Ήταν πλέον φανερό ότι σύντομα το νησί θα αναγκαζόταν ν’ αντιμετωπίσει τη σοβαρότερη εχθρική απειλή στη μακραίωνη ιστορία του. Το 1645 ο οθωμανικός στόλος κατέπλευσε στο λιμάνι της Σούδας και ο οθωμανικός στρατός αποβιβάστηκε κοντά στα Χανιά χωρίς να συναντήσει σοβαρή αντίσταση. Ένα χρόνο αργότερα έπεσε το Ρέθυμνο. Το 1646 η Βενετία υποχρεώθηκε ν’ ανοίξει την κλειστή ως τότε χρυσή βίβλο της και να παραχωρήσει με χρηματικό αντάλλαγμα τίτλους ευγενείας και αξιώματα.

Έχοντας κατακτήσει σχεδόν όλο το νησί, οι Οθωμανοί εμφανίστηκαν μπροστά στα τείχη του Χάνδακα το 1648. Επικεφαλής των χριστιανικών στρατευμάτων και τελευταίος υπερασπιστής του Μεγάλου Κάστρου ορίστηκε ο αρχιστράτηγος Φραγκίσκος Morosini. Ο κρητικός πληθυσμός της πόλης, άντρες και γυναίκες, στάθηκαν με ηρωισμό και αυτοθυσία στο πλευρό των Βενετών για να προασπιστούν τις αξίες του δυτικού πολιτισμού και της χριστιανικής πίστης. Η σημαία του Αγίου Μάρκου ήταν πλέον η τελευταία τους ελπίδα.

1648: Όταν οι Οθωμανοί με αρχιστράτηγο τον Γαζή Χουσεΐν Πασά έφτασαν μπροστά στα θεόρατα τείχη της πόλης, δεν προχώρησαν σε έφοδο, καθώς δεν είχαν ακόμη μεταφέρει το βαρύ τους πυροβολικό. Μη μπορώντας ν’ αποβιβάσουν τα μεγάλα κανόνια τους κοντά στο Χάνδακα, επέλεξαν το λιμάνι των Χανίων, κι από κει τα έσυραν από τα ορεινά μονοπάτια των βορείων ακτών, χρησιμοποιώντας μεγάλο αριθμό Κρητών αιχμαλώτων. Μέχρι τότε στρατοπέδευσαν δυτικά του φρουρίου, κοντά στον ποταμό Γιόφυρο, και άρχισαν να προετοιμάζουν την πολιορκία.

Από τις πρώτες τους ενέργειες ήταν η διακοπή της υδροδότησης της πόλης μέσω του υδραγωγείου του Morosini, που έφερνε το νερό από τις Αρχάνες. Προσπάθησαν επίσης να πλησιάσουν το φρούριο με την τακτική των διαδοχικών ορυγμάτων, τα οποία έσκαβαν ειδικοί υπονομευτές, κυρίως Αρμένιοι χρυσωρύχοι, παράλληλα με το τμήμα της οχύρωσης το οποίο προσπαθούσαν να πλησιάσουν. Η μέθοδος δεν απέδωσε αποτελέσματα, καθώς δεν γνώριζαν ακόμη τη σωστή της εφαρμογή. Η τακτική της διάνοιξης από πλευράς των επιτιθέμενων των mine και από πλευράς των αμυνόμενων των contramine επρόκειτο να χαρακτηρίσει, μαζί με τους ανηλεείς βομβαρδισμούς, τη μακροχρόνια πολιορκία του μεγαλύτερου οχυρωματικού έργου της ανατολικής Μεσογείου.

Το βαρύ πυροβολικό έφτασε στην πόλη τον Μάρτιο του 1648 και τοποθετήθηκε στα υψώματα γύρω από την πόλη. Για τα επόμενα 21 χρόνια μόνη διέξοδος διαφυγής των κατοίκων του Χάνδακα θα ήταν η θάλασσα. Οι Οθωμανοί επέλεξαν αρχικά να επιτεθούν στο οχυρό από τα νότια και νοτιοανατολικά, από την πλευρά δηλαδή των ισχυρότερων προμαχώνων (Vitturi, Jesu, Martinengo), καθώς εσφαλμένα θεώρησαν ότι η υψηλή στάθμη του εδάφους έξω από την τάφρο θα τους έδινε πλεονέκτημα. Η πρώτη σφοδρή επίθεση τον Ιούνιο του 1648 ενάντια στον προμαχώνα Vitturi αντιμετωπίστηκε με επιτυχία από τους υπερασπιστές του εξωτερικού οχυρού του Αγίου Δημητρίου. Ωστόσο προκλήθηκαν φθορές στην αιχμή και τον κορμό του προμαχώνα Martinengo, στον οποίο οι Τούρκοι κατάφεραν προς στιγμήν ν’ αναρριχηθούν, πριν απωθηθούν με σκληρή προσπάθεια, καθώς και στο ανατολικό πλευρό (fianco) του προμαχώνα Ιησού. Το ευθύγραμμο τμήμα μεταξύ των προμαχώνων Ιησού και Vitturi βομβαρδίστηκε άγρια, αλλά η προσπάθεια κατάληψής του απέβη άκαρπη.

Μετά τις αποτυχημένες προσπάθειες ο Χουσείν υποχώρησε προς τα υψώματα του Μαραθίτη, όπου στρατοπέδευσε μόνιμα. Οι αμυνόμενοι κατέβαλαν προσπάθειες να επισκευάσουν τα τείχη και να κατασκευάσουν συμπληρωματικά αμυντικά έργα στη διάρκεια του χειμώνα.

1649: Οι επιθέσεις επαναλήφθηκαν τον επόμενο χρόνο, από τον Αύγουστο ως τις αρχές Οκτωβρίου, στα ίδια σημεία καθώς και στη ΝΔ πλευρά του φρουρίου, από τον προμαχώνα Martinengo ως τον προμαχώνα του Παντοκράτορα, καθώς και στα αντίστοιχα εξωτερικά οχυρά, κυρίως την opera Moceniga, χωρίς καμιά επιτυχία. Στις αρχές του χειμώνα οι Οθωμανοί αποσύρθηκαν έχοντας συνειδητοποιήσει ότι η κατάληψη του Μεγάλου Κάστρου δεν θα είναι εύκολη υπόθεση. Καθώς η πολιορκία προβλεπόταν μακροχρόνια αναζήτησαν πλέον οργανωμένα ορμητήρια και καταφύγια που θα τους προφύλασσαν από αντεπιθέσεις.

Με σουλτανικό φιρμάνι στις 28 Φεβρουαρίου του 1649 δόθηκε η εντολή κατασκευής τριών μικρών φρουρίων γύρω από τα τείχη του Χάνδακα, ένα στα ανατολικά, κοντά στο λιμοκαθαρτήριο, ένα στα νότια κι ένα δυτικά του ποταμού Γιόφυρου. Παράλληλα ξεκίνησε η κατασκευή ενός τέταρτου, σπουδαιότερου φρουρίου στα υψώματα της Μπρούσας, του σημερινού οικισμού Φορτέτσα, που πήρε τ’ όνομά του ακριβώς από αυτό το φρούριο, προκειμένου να εγκαταστήσουν το στρατηγείο τους. Το φρούριο ονομάστηκε Enantia ή Νέα Κάντια ή Inadiye ή Kale-I-Cedit (Νέο Φρούριο). Η κατασκευή του ωστόσο ήταν πολύ πρόχειρη.

1649-1666: Από το 1649 ως το 1666 ο πόλεμος βρισκόταν σε στασιμότητα. Η πόλη παρέμενε πολιορκημένη και η πρόσβαση από τη θάλασσα γινόταν διαρκώς δυσχερέστερη. Το 1666 η κατάσταση άλλαξε δραματικά. Ο Σουλτάνος είχε ήδη ανακαλέσει το Χουσεΐν και τον είχε αποκεφαλίσει θεωρώντας τον υπαίτιο για την αποτυχία της πολιορκίας. Στη θέση του όρισε αρχιστράτηγο τον Αχμέτ Πασά Κιοπρουλή, τον αποκαλούμενο Φαζίλ (δίκαιο), έναν άνθρωπο ικανό, φιλόδοξο και σκληρό, που έμελλε να αποτελέσει το μοιραίο πρόσωπο για την τύχη της πόλης. Απέναντί του θα βρεθεί ο Francesco Morosini, ο εξαιρετικά ικανός αρχιστράτηγος της πόλης και το ισχυρότερο φρούριο της Μεσογείου. Ο δραματικός επίλογος της ιστορίας είχε μόλις αρχίσει να γράφεται.

Ο Κιοπρουλής αποβιβάστηκε στα Χανιά στις αρχές Νοεμβρίου του 1666 και έφτασε στο Χάνδακα. Ως την άνοιξη του επόμενου έτους προετοιμαζόταν μεθοδικά, μετακινώντας το στρατηγείο του στο φρούριο του Γιόφυρου, το οποίο προστάτευσε από τα ανατολικά με τάφρο. Οχύρωσε επίσης τις θέσεις των πυροβόλων όπλων, κατασκεύασε χυτήριο τηλεβόλων κοντά στην Κνωσό και πυριτιδοποιείο κοντά στη Φορτέτσα και φρόντισε για τον ανεφοδιασμό του στρατού μέσω των λιμανιών του Τσούτσουρα, των Ματάλων και της Ιεράπετρας.

1667: Στις 28 Μαΐου του 1667 ξεκίνησε η επίθεση με τριακόσια κανόνια στο νοτιοδυτικό τμήμα του φρουρίου, από τον προμαχώνα Martinengo ως τον προμαχώνα του Αγίου Ανδρέα. Οι Οθωμανοί κατάφεραν να καταστρέψουν το αντιτείχισμα του Παντοκράτορα, να καταλάβουν το εξωτερικό οχυρό και να εισχωρήσουν στην τάφρο του προμαχώνα τον οποίο άρχισαν να πιέζουν ασφυκτικά. Οι επιθέσεις συνεχίστηκαν ως το Νοέμβριο.

Στις 15 Νοεμβρίου του 1667 ο βενετοκρητικός μηχανικός Andrea Barozzi αυτομόλησε στο οθωμανικό στρατόπεδο και παρείχε λεπτομερείς πληροφορίες στον Κιοπρουλή για την κατασκευή και την κατάσταση του φρουρίου, αποκαλύπτοντας την αδυναμία των δυο επιθαλάσσιων προμαχώνων, Sabbionara και Αγίου Ανδρέα. Οι δυο αυτοί προμαχώνες, λόγω της θέσης τους, δεν ήταν πλήρεις, καθώς διέθεταν μόνο ένα λοβό (orecchione) και μια χαμηλή πλατεία, ήταν δε χαμηλότεροι σε ύψος από τους υπόλοιπους. Αλλά το σπουδαιότερο, οι Βενετοί δεν θα μπορούσαν ν’ αποκρούσουν υπονομευτικές επιθέσεις με την διάνοιξη contramine καθώς ο μεν προμαχώνας του Αγίου Ανδρέα ήταν χτισμένος σε έδαφος βραχώδες, ο δε προμαχώνας της Sabbionara σε αμμώδες.

Ο Barozzi παρείχε επίσης υποδείξεις για τη βελτίωση του συστήματος των παράλληλων ορυγμάτων. Υπό τις οδηγίες του οι Οθωμανοί αναθεώρησαν την επιθετική τους τακτική και έστρεψαν τη δύναμη πυρός τους κατά των δυο βορειότερων άκρων του χερσαίου τμήματος της οχύρωσης. Στις 10 Νοεμβρίου του 1667 άρχισε ο κανονιοβολισμός του προμαχώνα του Αγίου Ανδρέα ενώ από τις 10 Δεκεμβρίου εξωτερικά οχυρά άρχισαν να κατασκευάζονται απέναντι και στους δυο θαλάσσιους προμαχώνες. Οι υπερασπιστές της πόλης αντιλήφθηκαν την αλλαγή της τακτικής και προσπάθησαν να λάβουν αμυντικά μέτρα, χωρίς τελικά να τα καταφέρουν. Ήταν πια αποδεκατισμένοι και εξουθενωμένοι.

1668: Στις 11 Ιουνίου του 1668 εξαπολύθηκε νέα επίθεση, αυτή τη φορά στον προμαχώνα Sabbionara, στο βόρειο πλευρό του οποίου δημιουργήθηκε ρήγμα 140 μέτρων. Αντίστοιχα στον προμαχώνα του Αγίου Ανδρέα δημιουργήθηκε ρήγμα 160μ. Οι αμυνόμενοι αναγκάζονται να κατασκευάζουν διαρκώς γραμμές υποχώρησης.

1669: Τον Ιανουάριο του 1669 η κατάσταση ήταν πια τραγική. Ο προμαχώνας του Αγίου Ανδρέα και η πρώτη γραμμή άμυνας, το λεγόμενο τείχος των Γάλλων, είχαν καταληφθεί από τους Τούρκους και οι πολιορκημένοι είχαν υποχωρήσει πίσω από τη δεύτερη γραμμή άμυνας. Στον προμαχώνα Sabbionara, στη θέση της σημαίας του Αγίου Μάρκου κυμάτιζε ήδη ο διπλός πέλεκυς, το σύμβολο του τάγματος των Γενιτσάρων. Τα εφτά τους τάγματα επρόκειτο να τοποθετήσουν τις σημαίες τους, τους περίφημους «Εφτά Μπαλτάδες» πάνω και δυτικά του προμαχώνα. Η γραμμή άμυνας των Βενετών εμφάνισε ρήγμα μήκους 50μ.

Η τύχη του Χάνδακα έχει πια κριθεί. Η ηρωική έξοδος των Γάλλων, που είχαν προστρέξει σε βοήθεια, υπό το ναύαρχο Δούκα De Beaufort και το δούκα De Navailles απέτυχε, όπως και ο βομβαρδισμός των τουρκικών θέσεων από το χριστιανικό στόλο. Η έκρηξη που βύθισε αύτανδρη τη γαλλική υποναυαρχίδα “La Thérèse” σήμανε το τέλος της προσπάθειας.

Μπροστά στην απειλή της λεηλασίας και της σφαγής ο τελευταίος ηρωικός υπερασπιστής του Κάστρου Francesco Morosini επέλεξε τη λύση της συνθηκολόγησης. Σύμφωνα με τους όρους της συνθήκης, που υπογράφηκε ύστερα από πολυήμερες και επίπονες διαπραγματεύσεις στις 16 Σεπτεμβρίου του 1669, οι Βενετοί παραχωρούσαν στους Οθωμανούς το νησί, πλην των οχυρών της Γραμβούσας, της Σούδας και της Σπιναλόγκας, και σε αντάλλαγμα οι κάτοικοι της πόλης θα είχαν το περιθώριο να την εγκαταλείψουν, παίρνοντας μαζί τους όπλα, κειμήλια και αρχεία. Χάρη στον πολύτιμο αυτό όρο διασώθηκαν μεταξύ άλλων τα κρατικά αρχεία της πόλης, που μεταφέρθηκαν στη Βενετία. Αργότερα ο Morosini κατηγορήθηκε για τους χειρισμούς του, ωστόσο αθωώθηκε. Αδιάψευστοι μάρτυρες της αγάπης του για την πόλη που υπεράσπισε για 21 ολόκληρα χρόνια είναι τα θέματα που κοσμούν το λάβαρό του, φιλοτεχνημένο από το φημισμένο κρητικό ζωγράφο Βίκτωρα, σήμερα στο Μουσείο Correr της Βενετίας, και από την αφιέρωση του οικόσημου και του στέμματός του στην Παναγία Μεσοπαντίτισσα, τη θαυματουργή εικόνα του Χάνδακα που διασώθηκε και φυλάσσεται στο ναό της Santa Maria della Salute.

Όταν τα οθωμανικά στρατεύματα εισήλθαν στο Χάνδακα στις 4 Οκτωβρίου του 1669 βρήκαν μια έρημη πόλη. Το κόστος της απώλειας στη συνείδηση των κατοίκων του, που αναγκάστηκαν να τον εγκαταλείψουν μετά από 21 χρόνια εγκλεισμού, πείνας, δίψας και λυσσαλέας αντίστασης, μόνο μέσα από τον ποιητικό θρήνο μπορεί να μετρηθεί. Ίσως καμιά πόλη στην ιστορία της ανθρωπότητας δεν επαινέθηκε και δεν θρηνήθηκε τόσο, όσο το Κάστρο στην ποίηση του Τζάνε Μπουνιαλή.

Ὦ Κάστρο μου περίδοξο τάχατες ὃσοι ζοῦνε,

τάχατες νὰ σὲ κλαίσινε καὶ νὰ σ’ ἀναζητοῦνε;

Ἒπρεπε ὅλ’ οἱ Καστρινοὶ μαῦρα γιὰ νὰ βαστοῦσι

νὰ κλαίγουνε καθημερνὸ κι ὂχι νὰ τραγουδοῦσι·

ἄντρες, γυναῖκες καὶ παιδιὰ καὶ πᾶσα κορασίδα,

νὰ δείχνουν πώς ἐχάσανε τέτοιας λογῆς πατρίδα.