Στους χώρους παρουσιάζεται εποπτικό και εκθεσιακό υλικό από τις υποθαλάσσιες ανασκαφικές διερευνήσεις που έχουν λάβει χώρα στο χώρο μεταξύ του λιμένος Ηρακλείου και της νησίδας Ντία. Παρουσιάζονται τα ναυάγια που εντοπίστηκαν και διερευνήθηκαν.
 | 3.Κρήτη και θάλασσα |  |
|---|---|---|
 | 3.1 Το λιμάνι του Ηρακλείου | |
 | 3.3 Η υποβρύχια έρευνα του 1976 (Cousteau- ΥΠΠΕ) | |
 | 3.4 Ρωμαϊκό ναυάγιο | |
 | 3.5 Βυζαντινό ναυάγιο | |